Az intézet igazgatója, Hörcher Ferenc 2018. végével lemondott mandátumáról, s így megoldást kellett találni az intézet vezetésének ideiglenes továbbvitelére. Fodor Pál, az MTA Bölcsészettudományi Kutatóközpont főigazgatója az MTA elnökének engedélye alapján 2019. január 1-től maga gyakorolja az igazgató hatáskörébe tartozó kötelezettségvállalási és munkáltatói jogosítványokat. Az igazgató szakmai ügyekben történő helyettesítésére pedig Varga Péter Andrást jelölte ki. Ezen szervezeti változás részeként Fodor Pál konszolidálta és összevonta az intézet az elmúlt években többször megváltozott kutatócsoport-szerkezetét, amely helyett négy témacsoport jött létre az intézetben: a Filozófiatörténeti témacsoport, a Gyakorlati filozófia témacsoport, az Ismeretelméleti témacsoport és a Tudományfilozófiai témacsoport. Az intézeti tanácsadó testület változatlan személyi összetétellel és hatáskörökkel működik tovább.